二級生物安全柜使用HEPA過濾，層流氣流，以提供操作者，環(huán)境和樣品的保護(hù)。出于無菌的目的，對于0.3微米大小的顆粒，HEPA過濾器的效率通常為99.99+％。

　　典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來消毒和/或減少交叉污染;但是，由于以下幾個原因，不建議在生物安全柜內(nèi)使用這種明火：

　　1.二級生物安全柜通過在機(jī)柜的工作區(qū)域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進(jìn)的空氣，沒有湍流）來維持樣品保護(hù)。熱空氣上升，因此任何明火都會使空氣上升到層流下降，產(chǎn)生湍流并阻礙生物安全柜保護(hù)工作區(qū)域樣品的能力。

　　2.如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過濾介質(zhì)保持在其框架上。這破壞了HEPA過濾器的有效性，導(dǎo)致正壓通風(fēng)系統(tǒng)中的安全殼損失。

　　3.如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開，則可燃?xì)怏w將不受限制地引入機(jī)柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空氣被再循環(huán)（見下面的視頻），可燃?xì)怏w的濃度可能達(dá)到爆炸性潛力，不僅對生物安全柜，而且對用戶和實驗室構(gòu)成嚴(yán)重風(fēng)險它占據(jù)了。

　　4.美國疾病控制和預(yù)防中心（CDC）和國家衛(wèi)生研究院（NIH）也在出版物中闡述了這一點：微生物和生物醫(yī)學(xué)實驗室的生物安全。

　　在二級生物安全柜中工作時，可以采取一些措施來減少材料交叉污染的可能性。打開的管子或瓶子不應(yīng)垂直放置。使用培養(yǎng)皿和組織培養(yǎng)板的研究人員應(yīng)將蓋子保持在開放的無菌表面上方，以zui大限度地減少向下空氣的直接沖擊。不應(yīng)將瓶蓋或管帽放在毛巾上。物品應(yīng)盡快重新蓋上或蓋好。

　　在生物安全柜的近乎無微生物的環(huán)境中不需要明火。在開放式工作臺上，燃燒培養(yǎng)容器的頸部將產(chǎn)生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，生物安全柜中的明火產(chǎn)生湍流，破壞了供應(yīng)到工作表面的HEPA過濾空氣的模式。當(dāng)認(rèn)為必要時，可以使用配備有指示燈以按需提供火焰的觸摸板微型燃燒器。內(nèi)部機(jī)柜空氣擾動和熱量積累將小化。工作完成后必須關(guān)閉燃燒器。小型電動“爐”可用于凈化細(xì)菌環(huán)和針，并且優(yōu)于生物安全柜內(nèi)的明火。二級生物安全柜應(yīng)盡可能使用一次性或可回收的無菌環(huán)。